Je nach verwendetem Rohmaterial ist Biodiesel meist eine gelbliche Flüssigkeit mit hohem Siedepunkt und niedrigem Dampfdruck, die sich kaum mit Wasser mischen lässt. Biodiesel verfügt über sehr gute Schmiereigenschaften, was aus seinem relativ hohen Sauerstoffgehalt und seinem chemischen Aufbau zurück zu führen ist.
Diese gute Eigenschaft reduziert den Verschleiß in den Einspritzpumpen sowie im Motor deutlich.
Daher kann Bio-Diesel in modernen Dieselmotoren und Einspritzsystemen eingesetzt werden. (Herstellervorschriften sind zu beachten!)